超净工作台使用前必须作必要的检验和调试。因为净工作台所处的环境各异，只有经过适当的检验和调试，才能大限度地发挥设备的作用。
在调试前应为机器选定1个较好的环境。将其置于房间间有空气消毒设施的无菌室是好的，如果条件不具备，就应将机器安放于人员走动少、较清洁的房间中。调整各脚的高度，以保证稳妥和操作面的水平。超净工作台的供电应采用1条专门电路，以避免电路过载造成空气流速的改变。与简陋的无菌罩相比，净台具有允许操作者自由活动，容易达到操作区的任何地方。
紫外线杀菌灯和照明用日光灯是超净工作台的标准配置，鼓风机空气流动的动力，这些部件是否正常工作是一目了然的。困难也是重要的是检查空气滤板及其密封性，它直接关系到机器的正常使用。简单的检查方法是营养琼脂平板法。新购买的和久置未用的超净工作台除用紫外灯等照射外，好能进行熏蒸处理，然后在机器处于工作状态时在操作区的四角及中心位置各放1个打开的营养琼脂平板，两小时后盖上盖并置37℃培养箱中培养24小时，计算出菌落数。平均每个平皿菌落数必须少于0.5个。
